Повышение качества предоставляемых образовательных услуг до уровня мировых стандартов тесно связано с научной работой, которая в Университете осуществляется в рамках Департамента науки, Казахстанского многопрофильного института реконструкции и развития, Лаборатории инженерного профиля «Комплексное освоение ресурсов минерального сырья», лаборатории «Метрологическое обеспечение производства», 34 кафедральных НИЛ, 3-х учебно-научно-производственных центров и 2-х студенческих конструкторских бюро.
Особое место в работе по совершенствованию учебного процесса и выполнению научно-исследовательских работ занимает лаборатория инженерного профиля «Комплексное освоение ресурсов минерального сырья» — одна из первых в Казахстане, созданная на конкурсной основе во исполнение поручения Главы государства. На грант, в размере 200 млн. тенге, лаборатория оснащена широким спектром уникальных приборов и оборудования геолого-геофизического, геомеханического, маркшейдерско-геодезического, горно-металлургического профиля, а также средствами автоматизации, информационными системами мировых производителей (Швейцарии, Германии, Англии, США, Чехии, Дании, Швеции, Турции, России), что позволяет проводить уникальные исследования в области освоения ресурсов минерального сырья.
Научные исследования ученых Университета направлены на решение актуальных проблем энергетики, машиностроения, транспорта, информационно-коммуникационных технологий, новых материалов, строительства, инженерной педагогики, углехимии, литейного производства и металлургии, приборостроения и горного дела.
Основой эффективного развития научной деятельности Университета являются финансируемые научные работы. С принятием Комплексной программы развития Университета на 2009 г. финансирование хоздоговорных и госбюджетных работ возросло практически в 2 раза и достигло объема 412 млн. тенге.